• Thursday June 20,2019

Categoría - genómica


Usando tus datos de 23andMe en Plink

Usando tus datos de 23andMe en Plink

Con el reciente punto de precio de $ 99 para 23andMe, muchos de mis amigos han comprado kits (¡por fin!). Los resultados interpretativos de 23andMe son bastante ricos ahora, pero todavía faltan cosas. Puede usar muchas herramientas de terceros, pero sé que algunas personas pueden querer hacer su propio análisis de datos. Ha

Parahistoria pathan

Parahistoria pathan

Emperador mogol abar En Strange Parallels, Victor Lieberman hizo una referencia a “Pathans turcomizados”. El mismo término me ha estado rozando. Para comprender el contexto, Lieberman estaba esbozando el impacto de la civilización islámica sobre la civilización india. A veces este "impacto" fue muy literal. Los ej

Sobre el instrumentalismo filogenético.

Sobre el instrumentalismo filogenético.

Las pruebas de ADMIXTURE y STRUCTURE no son pruebas formales de mezcla. ¡Sí! De hecho, en la comunidad de "ciencia abierta" este problema se repite una y otra vez , porque la gente se confunde rutinariamente (nuestra audiencia no se compone de genetistas de poblaciones y filogenéticos en general). A

El impacto de las pruebas de ascendencia genética.

El impacto de las pruebas de ascendencia genética.

Actitudes en las pruebas de ascendencia de ADN: La industria de pruebas de ascendencia de ADN tiene más de una década, pero los detalles de la misma siguen siendo un misterio: no hay datos confiables y empíricos sobre el número, las motivaciones y las actitudes de los clientes hasta la fecha, la cantidad de productos disponibles y sus características, o las costumbres de la industria y las prácticas estándar que han surgido en ausencia de regulaciones gubernamentales específicas. Aquí,

Genómica personal: más que diversión y juegos.

Genómica personal: más que diversión y juegos.

Mi principal interés actual en la genómica personal en este momento es pura recreación. No espero mucha utilidad de esto, porque muchas correlaciones entre genes (SNPs, etc.) y rasgos / enfermedades son bastante débiles. Pero hay algunas excepciones. Recientemente, me pusieron temporalmente un medicamento recetado y quería comprobar si era un metabolizador rápido o lento. El m

WDIST, Plink, pero más rápido?

WDIST, Plink, pero más rápido?

Los lectores de mucho tiempo saben que paso mucho tiempo con Plink, desarrollado por Shaun Purcell. Dicho esto, incluso con los modestos conjuntos de datos con los que juego, he tenido que recurrir a la escritura de scripts de shell para realizar varias manipulaciones de Plink en serie y dejar que funcionen durante la noche

¿Por qué seguimos variando?

¿Por qué seguimos variando?

Noté que el verano pasado Karl Smith preguntó "¿Por qué hay gente corta?". Su lógica es bastante buena, excepto por el hecho de que la variación en la condición física parece ser mucho más marcada en hombres que en mujeres (hay evidencia de que he visto que las mujeres más cortas pueden ser más fértiles, aunque esto se compensa con el hecho de que las mujeres más grandes parecen ser capaces de manejar mejor la gestación). En cualquier

El gen (máquina) y nosotros

El gen (máquina) y nosotros

En IEEE Spectrum, Eliza Strickland tiene una pieza larga, The Gene Machine and Me, que informa sobre su experiencia con la secuenciación del exoma (esto se refiere al ~ 1 por ciento del genoma, o 30 mil millones de pares de bases, que es la codificación). Al ser IEEE Spectrum, hay mucho enfoque en la tecnología genómica, pero sospecho que esto tendrá tanto interés de 10 a 20 años como lo son las variedades de motores de combustión de alrededor de 1900. En otr

El genoma es una estructura, no solo una abstracción.

El genoma es una estructura, no solo una abstracción.

Aquí hay un rápido seguimiento del estudio que pretendía ilustrar las deficiencias en la predicción de riesgos genómicos, y recibió una importante cobertura de los medios: Neil Risch, PhD, un destacado experto en genética estadística y director del Instituto de Genética Humana de la UCSF, está de acuerdo con una importante conclusión presentada por los autores del estudio, el reportero del Times y otros expertos citados en la cobertura de los medios: los estudios genómicos son más valiosos por su potencial para conducir a una mejor comprensión de las enfermedades a nivel mundial que por su pode

¿Por qué no liberar datos para papeles filogenéticos?

¿Por qué no liberar datos para papeles filogenéticos?

El mes pasado noté que un documento sobre inferencias especulativas sobre los orígenes filogenéticos de los aborígenes australianos se vio obstaculizado en su fuerza de conclusiones por el hecho de que los autores no divulgaron los datos al público (más precisamente, pares). Hay razones políticas para esto con respecto a los conjuntos de datos de los aborígenes australianos, por lo que no los envidio por esto (bueno, al menos demasiado. Probab

Usando tus datos de 23andMe: explorando con MDS

Usando tus datos de 23andMe: explorando con MDS

Nota : por favor, lea la publicación anterior sobre este tema si no lo ha hecho. La imagen de arriba es de 23andMe. Es de una característica que parece haber sido marginada un poco con su composición ancestral. Básicamente, está proyectando a los clientes de 23andMe en una visualización de la variación genética a partir del conjunto de datos HGDP. Esto e

Arrastre perjudicial como efecto secundario de la adaptación.

Arrastre perjudicial como efecto secundario de la adaptación.

The Pith: Evolution es un artista descuidado. En la zona focal de la adaptación de la energía creativa se puede esculpir con precisión, pero en los márgenes del paisaje genético pueden surgir fenómenos aterradores debido a la falta de atención. En otras palabras, a menudo hay desventajas a la adaptación. Hace u

El desplome de 2007 en los costos de secuenciación del genoma

El desplome de 2007 en los costos de secuenciación del genoma

El Dr. Daniel MacArthur sugiere: Ahora, no queremos que todos los que trabajan en genómica comiencen a usar la misma diapositiva azul sobre gris para ilustrar el inminente origen de datos; así que animo a la gente a descargar los datos en bruto (advertencia: archivo Excel) y hacer sus propias imágenes bonitas. M

El futuro de la genómica es casi ahora.

El futuro de la genómica es casi ahora.

Stephen Hsu sobre los desarrollos en el Instituto de Genómica de Beijing: Me sorprendió hoy cuando el director de BGI me dijo que pronto alcanzarían una tasa de secuenciación de 1000 genomas (humanos) por día (por lo tanto, 10 ^ 5 a 10 ^ 6 genomas por año están justo en el horizonte). Según él, ¡pueden ser rentables a un precio de $ 5k por genoma! [Aclarac

Г – tzi, ¿los rollos del mar muerto de la genómica?

Г – tzi, ¿los rollos del mar muerto de la genómica?

Dienekes me señala el hecho de que Ewen Callaway tiene la suciedad en lo que está pasando con Г – tzi: Para controlar mejor su ascendencia y predisposición a la enfermedad, Albert Zink, director del Instituto para las Momias y el Hombre de Hielo en Bolzano, y su equipo secuenciaron el genoma nuclear de 3 billones de bases de Г – tzi de un fragmento de hueso de cadera. Su secu

¡Jared Diamond tenía razón!

¡Jared Diamond tenía razón!

Al menos sobre algunas cosas. En Guns, Germs, and Steel, argumentó que la difusión latitudinal de los conjuntos de herramientas agrícolas era mucho más fácil que la difusión longitudinal . Esto parece correcto, pero, una cosa que Diamond no enfatizó lo suficiente en retrospectiva, sospecho es que la difusión y el reemplazo demográficos pueden seguir un patrón similar. Probable

Más diversidad en el Proyecto Genoma Personal.

Más diversidad en el Proyecto Genoma Personal.

Buscando Diversidad (Especialmente Familias): Debido a que el PGP es de auto-reclutamiento, no tenemos un grupo de participantes muy equilibrado. “Auto-reclutamiento” significa que todos los participantes se han inscrito en nuestro proyecto a través del boca a boca, encontrando nuestro sitio web e inscribiéndose en línea. Para

Tecnología y genética en el siglo XXI.

Tecnología y genética en el siglo XXI.

Supongo que habrá más historias como esta en el próximo año, Gene Machine: La máquina que podría cambiar tu vida es un dispositivo compacto, de solo 24 pulgadas de ancho, 20 pulgadas de profundidad y 21 pulgadas de altura. De un vistazo, podría confundirlo con un juguete Playskool o, mejor aún, con la computadora Apple II, que provocó una revolución. De hecho

Las adaptaciones climáticas y los europeos del sur son parte de África

Las adaptaciones climáticas y los europeos del sur son parte de África

No hay tiempo para bloguearlos ahora. Voy a llegar a ella. Pero realmente quiero señalarle dos artículos de interés en PLoS Genetics (¡todas las cosas buenas aterrizan el viernes!). Adaptaciones a las presiones selectivas mediadas por el clima en humanos: Los seres humanos habitan en una gama de ambientes notablemente diversa, y la adaptación a través de la selección natural probablemente ha jugado un papel central en la capacidad de sobrevivir y prosperar en climas extremos. A dif

Mapas genéticos de grano muy fino de Europa

Mapas genéticos de grano muy fino de Europa

Hace unos años, comenzó a ver la cresta de estudios que básicamente tomaron varios cientos de individuos (o miles) de una variedad de lugares, y luego extrajeron los dos componentes más grandes de la variación genética de los cientos de miles de variantes. Los conglomerados que cayeron de los datos genéticos, con cada punto siendo la posición de un individuo, se incorporaron a un mapa geográfico. La figu